Le Fonds est un établissement public placé sous la tutelle de l'État (Fonction Publique, Intérieur, Santé, Budget). Sa gestion est confiée à la Caisse des Dé­pôts. Les grandes orientations, particulièrement cel­les relatives à l'utilisation des crédits du Fonds, sont définies par un Comité National, organe délibérant du Fonds qui dispose également de 26 comités ré­gionaux pour une action locale de proximité.

Tous les comités sont « tripartites » : employeurs des trois fonctions publiques, organisations syndi­cales et associations de personnes handicapées.