C'est le Comité National qui définit les orientations stratégiques du Fonds et la répartition de ses crédits d'intervention entre les 26 comités locaux pour chacune des trois sections (État, Territoriale, Hospitalière). Le Comité National comporte 17 membres titulaires, et autant de suppléants, nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de la Fonction Publique de l'État, de la Fonction Publique Territoriale, de la Fonction Publique Hospitalière et du Budget :
- 7 représentants des employeurs (3 pour l'État, 3 pour la Territoriale, 1 pour l'Hospitalière).
- 7 représentants des personnels (CFDT, CGT, FO, FSU, UNSA, CFE-CGC, CFTC).
- 3 représentants des associations proposés par le CNCPH (Conseil National Consultatif des Personnes Handicapées).
Assistent également aux séances, sans voix délibérative :
- Les ministres exerçant la tutelle de l'établissement public FIPHFP ou leurs représentants, c’est-à-dire les ministres chargés de la Fonction Publique de l'État, de la Fonction Publique Territoriale, de la Fonction Publique Hospitalière, et du Budget.
- Trois personnalités qualifiées en raison de leur compétence dans le domaine du handicap, désignées par arrêté conjoint des ministres exerçant la tutelle de l'établissement.
- Le directeur de l'établissement public FIPHFP ou son représentant.
- Le membre du corps du contrôle général économique et financier.
- L'agent comptable de l'établissement public FIPHFP.
- Un représentant de la Caisse des Dépôts, gestionnaire administratif du FIPHFP.
Les membres du Comité National sont nommés pour une durée de trois ans, renouvelable une fois, exceptés les représentants des employeurs de la Fonction Publique Territoriale nommés pour 6 ans renouvelable une fois. Le comité choisit parmi ses membres, à la majorité des suffrages exprimés, un président et un vice-président.