C'est le Comité National qui définit les orienta­tions stratégiques du Fonds et la répartition de ses crédits d'intervention entre les 26 comités locaux pour cha­cune des trois sections (État, Territoriale, Hospita­lière). Le Comité National comporte 17 membres titulaires, et autant de suppléants, nommés par ar­rêté conjoint des ministres chargés de la Fonc­tion Publique de l'État, de la Fonction Publique Ter­rito­riale, de la Fonction Publique Hospitalière et du Bud­get :

- 7 représentants des employeurs (3 pour l'État, 3 pour la Territoriale, 1 pour l'Hospitalière).

- 7 représentants des personnels (CFDT, CGT, FO, FSU, UNSA, CFE-CGC, CFTC).

- 3 représentants des associations proposés par le CNCPH (Conseil National Consultatif des Per­sonnes Handi­capées). 

Assistent également aux séances, sans voix délibé­rative :

- Les ministres exerçant la tutelle de l'établisse­ment public FIPHFP ou leurs représentants, c’est-à-dire les ministres chargés de la Fonction Publique de l'État, de la Fonction Publique Ter­ritoriale, de la Fonction Publique Hospitalière, et du Budget.

- Trois personnalités qualifiées en raison de leur compétence dans le domaine du handicap, dési­gnées par arrêté conjoint des ministres exer­çant la tutelle de l'établissement.

- Le directeur de l'établissement public FIPHFP ou son représentant.

- Le membre du corps du contrôle général écono­mique et financier.

- L'agent comptable de l'établissement public FIPHFP.

- Un représentant de la Caisse des Dépôts, ges­tionnaire administratif du FIPHFP. 

Les membres du Comité National sont nommés pour une durée de trois ans, renouvelable une fois, exceptés les représentants des employeurs de la Fonction Publique Territoriale nommés pour 6 ans renouvelable une fois. Le comité choisit parmi ses membres, à la majorité des suffrages exprimés, un président et un vice-président.